石墨的内外必须干净明亮。久烧后坩埚表面会暗沉，久烧会深入内部，导致坩埚敏感开裂。所以，要把不干净的东西清理干净。若表层仍有六点或发黑，用不含尖锐菱角的细砂按150目筛和自来水轻轻摩擦，使表层回复光泽度。  

    由于石墨坩埚具有相对密度高、耐热、导热快、耐腐蚀、高温耐压强度高、耐热等特点，在整个使用过程中不可避免地要避免腐蚀性化学物质。石墨坩埚虽然具有抑酸抗碱底漆的工作能力，但坩埚使用后有些原料清理起来不方便。

    对于这些去除的化学物质，可以用稀盐酸或稀硝酸煮沸。特别要注意的是，普通硫酸不应含有氰化钠、磷酸盐、卤素等还原剂。如果稀硝酸还不能清洗，可以用焦硫酸钾、碳酸钠或硼砂进行熔化清洗。

    石墨坩埚清洗的主要工作是去除坩埚中的化合物，然后进行清洗。人们必须根据石墨坩埚中残留的化学物质来决定用什么来清洗它。通常石墨坩埚上的附属物是无机物点燃后的残留物，人们可以用硫酸清洗。大部分是可溶的，但有些含碳成分的残渣不能被硫酸溶解。这时可以用氰化钠进行清洗。因为氰化钠有很强的氧化性，所以是清洁剂。